Međunarodni sud za ratne zločine na području bivše Jugoslavije u Haagu podigao je 2001. optužnicu protiv Ante Gotovine , optužujući ga za planiranje etničkoga čišćenja i ratne zločine. Gotovina je odbio primiti optužnicu te je od podizanja optužnice do uhićenja bio u bijegu na nepoznatom prebivalištu. Nakon višegodišnjeg skrivanja, uhićen je na Kanarskim otocima (Španjolska), 7. prosinca 2005. godine, pišu 24sata.
Uhićenje Ante Gotovine postala je glavna vijest u svjetskim medijima, a priopćila ju je tadašnja glavna haška tužiteljica Carla del Ponte. “Imam vrlo dobre vijesti. Ante Gotovina je tijekom prošle noći uhićen u Španjolskoj”, rekla je del Ponte i dodala kako su ga konačno uspjeli pronaći.
Suđenje Anti Gotovini, Mladenu Markaču i Ivanu Čermaku počelo je 11. ožujka 2008. godine. Na svojim prvim pojavljivanjima pred Haškim sudom izjasnili su da se ne osjećaju krivima.
Haški sud je nepravomoćnom odlukom u prvostupanjskom procesu 15. travnja 2011. proglasio krivim Antu Gotovinu kao sudionika udruženog zločinačkog pothvata, krivim za djela progona, deportacije, pljačke, razaranja, ubojstva, nečovječna djela i okrutno postupanje, a sud ga je oslobodio odgovornosti za prisilno premještanje. Određena mu je kazna od 24 godine zatvora . Dana 16. studenog 2012. general Gotovina je drugostupanjskom (pravomoćnom) presudom oslobođen optužbi i pušten na slobodu.
