U sklopu redovitog periodičnog održavanja, danas su cijevi (svirale) Morskih orgulja izvađene i predane na čišćenje i tonsko ugođavanje Umjetničkoj radionici Heferer iz Zagreba, koja se brine o zvuku Orgulja od kad su izgrađene.
Posao sanacije se obavlja svake 3-4 godine, a uključuje demontažu svih svirala te otpremu u radionicu, ispitivanje svirala, rastavljanje, čišćenje i utvrđivanje stanja svih dijelova, reviziju i zamjenu dotrajalih ili oštećenih dijelova te ugodbu svirala i njihovu ponovnu montažu na zadarskoj rivi.
Predviđeno trajanje sanacije je 3-4 tjedna, nakon čega će se zvuk Morskih orgulja ponovo čuti.