Od pojave Windows Phonea 8.1 korisnici su prijavljivali probleme s WhatsAppom, prvenstveno u području nepouzdanih notifikacija. Ovo je rezultiralo povlačenjem aplikacije s Windows Phone Storea.
WhatsApp je od nedavno opet dostupan za preuzimanje, a objavljena je nova verzija. Osim ispravljenih bugova, uvedene su i nove mogućnosti, dosad dostupne na drugim platformama. Tu je mogućnost postavljanja pozadina, distribucijske liste i nove postavke privatnosti. Također, moguće je postaviti željenu melodiju i automatsko preuzimanje multimedijalnih poruka.
Aplikacija se može preuzeti s Windows Phone Storea.