Novi znanstveni projekt, kojemu je jedan od ciljeva zainteresirati širu javnost za znanstvene teme, ponudio nam je prilično zanimljiv pogled u bioraznolikost koja postoji na našim tijelima – i to pomnim promatranjem pupka, piše ArsTechnica. U projektu je sudjelovao veći broj volontera od kojih je zatraženo da „pročačkaju“ svoj pupak štapićem za uši te zatim taj štapić pošalju na analizu kojom će se utvrditi koje sve bakterijske vrste žive na njihovim tijelima.
Glavni nalaz studije bio je taj da je svačiji pupak prilično poseban te da vjerojatnost pronalaska različitih vrsta bakterija na nečijem tijelu ponajviše ovisi o specifičnim životnim navikama osobe o kojoj je riječ. Primjerice, nekoliko vrsta bakterija koje nikada do sada nisu pronađene na ljudskoj koži zabilježene su kod pojedinca koji se, prema vlastitom priznanju, nije okupao već nekoliko godina.
Ovo istraživanje dio je projekta Belly Button Biodiversity koji je imao dva glavna cilja. Prvi je bio usko znanstveni – saznati nešto više o bakterijskim vrstama koje žive u ljudskom pupku. Naime, na ljudskom tijelu nalazi se više bakterijskih stanica nego stanica kože i tek smo nedavno razvili tehnologiju koja nam omogućava da saznamo nešto više o nevjerojatnom mnoštvu „podstanara“ na našim tijelima. Kada uzmemo u obzir činjenicu da bakterije koje žive na našoj koži mogu imati ogroman utjecaj na naše zdravlje, ne treba posebno ni naglašavati zašto je razumijevanje njihovog broja i prirode prilično važan zadatak.
Drugi temeljni cilj projekta bio je ono što znanstvenici nazivaju „građanskom znanosti“. Jednostavnije rečeno, znanstvenici su željeli angažirati što je moguće veći broj laika u istraživanju i tako im približiti i zainteresirati ih za znanstvene metode istraživanja. Pod terminom „građanska znanost“ zapravo se podrazumijeva činjenica da šira javnost, koja nije dio znanstvene zajednice, sudjeluje u istraživanju i postaje uključena strana pri ostvarivanju nekih znanstvenih ciljeva. U ovom slučaju, zainteresirani pojedinci su nudili uzorke živog svijeta iz svog pupka te su mogli saznati kojim su sve tipovima bakterija tijekom godina postali domaćini. Također, svi građani koji su sudjelovali u istraživanju bili su redovno informirani o svakom novom otkriću do kojeg se preko ovog istraživanja došlo.
Naravno, kad kažemo da su u istraživanju sudjelovali potpuni (znanstveni) laici, to vjerojatno i nije najsretniji termin. Većina sudionika u istraživanju barem je na neki način zainteresirana za znanost – radilo se uglavnom o ljudima koji su posjećivali znanstvene muzeje tokom manifestacije „Dani Charlesa Darwina“ te o pojedincima koji su prošle godine sudjelovali na redovnom godišnjem ScienceOnline okupljanju. No, ono što je posebno zanimljivo jest da angažiranost javnosti nije stala u trenutku kad su znanstvenicima predali štapiće s uzorcima. Dapače, sudionici su čak mogli sudjelovati u formiranju znanstvenih hipoteza (preko Twittera i komentara putem interneta) i vizualizaciji podataka, a nakon čitavog procesa poslane su im i slike bakterijskih kultura koje žive u njihovom pupku.
Kako bi se bakterije iz pupka istražile još podrobnije, neki od uzoraka bili su iskorišteni kako bi se DNA donora pripremila za sekvenciranje. Nakon ekstrahiranja kratke DNA sekvence preko koje se identificirao donor, u DNA lancu kod 60 odabranih individualaca posebnom tehnikom zvanom PCR (Polymerase Chain Reaction) izdvojeni su ribosomalni RNA geni.
Dobiveni rezultati analizirani su u terminima filotipova, odnosno grupa identičnih sekvenci DNA. Jedan filotip najvjerojatnije predstavlja ili jednu vrstu bakterija ili dvije srodne vrste „budući da su pojedini rodovi bakterija ionako relativno širok pojam“, naglašavaju znanstvenici. U svim testiranim uzorcima znanstvenici su pronašli ukupno 2.368 filotipova, no znanstvenike zapravo nije toliko zanimao ukupni broj koliko distribucija pojedinih filotipova. Od ukupnog broja, otprilike 2.200 filotipova bilo je prisutno kod manje od 10% ljudi u uzorku, a kod većine ispitanika zabilježena je i makar jedna specifična vrsta bakterije koja nije bila prisutna kod drugih pojedinaca. Jednostavnije rečeno, ako ljudski pupak promatramo u terminima bakterija koje su se u njemu smjestile, gotovo svaki je prilično jedinstven. Također, smatraju znanstvenici, kad bi isto istraživanje proveli na mnogo većem uzorku, vjerojatno bi dobili gotovo identične rezultate, što bi značilo i da će u potencijalnim budućim istraživanjima vjerojatno biti pronađeno još mnogo različitih tipova bakterija na ljudskoj koži.
Jedno od najnevjerojatnih otkrića ove studije bio je taj što je po prvi put na ljudskoj koži zabilježena Archaea (prabakterija). Ovi jednostanični organizmi nazivaju se još i ekstremofilima zbog toga što ih najčešće nalazimo na mjestima u kojima vladaju vrlo surovi uvjeti. Kao što ste vjerojatno već pretpostavili, dva od tri filotipa ovoga tipa bakterije pronađena su kod onog nesretnika što se nije otuširao već nekoliko godina. Na kojem god znanstvenom skupu (“Dani Charlesa Darwina” ili ScienceOnline okupljanje) da je bio kad je odlučio sudjelovati u istraživanju, kraj njega je vjerojatno bilo dosta slobodnih mjesta. O nevjerojatnoj raznolikosti prisutnih bakterija svjedoči i činjenica kako ni jedan jedini filotop nije zabilježen kod svih ispitanika u uzorku. Zapravo, tek osam filotipova zabilježeno je kod više od dvije trećine testiranih pojedinaca. Radilo se, naravno, o najčešćem i najraširenijem tipu bakterija koje su, gledano iz evolucijske perspektive, prilično povezane. Ovo ipak znači da, iako svi imamo vrlo specifičnu strukturu bakterijskih kultura u pupku, ipak postoje određene bakterije koje je moguće pronaći kod otprilike 70% ljudi.
Ovi rezultati sugeriraju da smo tek zagrebali po površini (doslovno i figurativno) raznih bakterijskih kultura koje žive na našim tijelima. U budućim istraživanjima znanstvenici će vjerojatno otkriti još mnogo različitih filotipova, a ne zaboravimo i drugi važan cilj čitavog projekta – vjerojatno će se još mnoštvo „običnih“ građana zainteresirati za znanost i znanstvena istraživanja piše Znanost.com
